Указом президента России В.Путина за большой вклад в развитие отношений России и Кыргызстана в образовательной, культурно-гуманитарной и научной сферах ректор Кыргызско-Российского Славянского университета имени Б.Н. Ельцина Владимир Нифадьев награжден орденом Почета.Как сообщили в данном вузе, это не первая высокая награда В.Нифадьева. За достижения в образовательной, научно-исследовательской, социально-культурной и общественной деятельности, а также за заслуги в подготовке высококвалифицированных кадров и воспитании подрастающего поколения в 1994 году В.Нифадьев награжден медалью Пушкина, а в 2003 году отмечен российским орденом Дружбы. В 2007 году получил кыргызский орден «Данакер».
В.Нифадьев является лауреатом государственной премии КР в области науки и техники, действительным членом Национальной академии наук Кыргызской Республики и академий многих иностранных государств.